Początki miasta związane są z historią klucza muszyńskiego biskupów krakowskich władający tymi ziemiami już od 1280 r. W wyniku dwóch ruchów kolonizacyjnych: osadnictwa polsko-niemieckiego (XIV-XVw.) i rusko-wołoskiego (XVI-XVIIw.) obszar dzisiejszej Krynicy stopniowo się zaludniał. Z nazwą miejscowości spotykamy się po raz pierwszy w dokumencie lokacyjnym – dnia 8. 01. 1547 r. Biskup krakowski Samuel Maciejowski pozwolił założyć Dankowi z Miastka (obecnego Tylicza) na „surowym korzeniu” i „dwóch łanach lasu sosnowego” wsi Krzenycze. Nazwa ta wywodzi się z nazwy topograficznej, która oznacza zdrój lub źródło. Pierwsi mieszkańcy zajmowali się uprawą roli i pasterstwem, a z biegiem lat również obróbką drewna i tkactwem (od początku we wsi znajdował się młyn i folusz). Z dokumentów parafialnych wiadomo, że już na początku XVII wieku istniała tutaj cerkiew greko-katolicka i tzw. popostwo (wołoski okręg parafialny). Z informacji źródłowych wiadomo, że w roku 1668 Krynica posiadała 25 łanów osiadłych przez 59 kmieci.
Mieszkańcy ziem krynickich brali aktywny udział w politycznych zawieruchach XVII i XVIII wieku. W latach potopu szwedzkiego walczyli w szeregach piechoty muszyńskiej biorącej czynny udział w obronie Krakowa i niestety ginąc lub dostając się do niewoli z powodu zasadzki Szwedów. Kilka lat później bronili również bram miasta Nowy Sącz. Bardzo duże piętno na tych okolicach odcisnęła konfederacja barska, która stacjonowała tu od 1769 roku. Z nią związana jest nazwa wznoszącego się nad Krynicą od wschodu szczytu Huzary. Tam bowiem w 1772 r. konfederaci ponieśli klęskę zadaną im przez husarię węgierską. W roku 1770 przybył na te ziemie Kazimierz Pułaski – historyczny dowódca szeregów konfederackich. Upamiętnieniem jego pobytu jest pomnik projektu S. Wójcika odsłonięty w Krynicy w 1929 r. przedstawiający orła szykującego się do odlotu ze szczytu kopca. Działalność konfederatów została skutecznie stłumiona przez Węgrów – po roku 1770 cała Sądecczyzna znalazła się w granicach Galicji, którą w wyniku rozbiorów Rzeczypospolitej zagarnęła Austria, zaś sama Krynica w wyniku likwidacji posiadłości biskupich w kluczu muszyńskim stała się wsią należącą do dóbr „kameralnych” (państwowych).
